Το Κ.Π.Ε Κόνιτσας ιδρύθηκε από το Υπουργείο Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων σε συνεργασία με το Εθνικό Ίδρυμα Νεότητας (Ε.Ι.Ν.) το 1995.