Η κατάκτηση της Κόνιτσας από τους Τούρκους συνηθίζεται να ταυτίζεται με το χρόνο κατάχτησης των Ιωαννίνων 1430 (κατά τον Κουβαρά) η 1431 (κατά τον Άραβαντινό).

Ξένες όμως πηγές, αναφέρουν πως η Κόνιτσα καταλήφθηκε από τους Οθωμανούς το 1417, αφού προηγουμένως οι Τούρκοι εγκατέστησαν στην ακρόπολη της Κρούγια (έδρας του Σκεντέρμπεη) μια φρουρά και Οθωμανό Κυβερνήτη.... κατέλαβαν διαδοχικά τη Βλόρα, την Κανίνα, το Μπεράτι, το Αργυρόκαστρο, το Δέλβινο, την Πρεμετή, και σταμάτησαν στην Κόνιτσα.

Την περίοδο της κατάληψης της Κόνιτσας (1417)  ηγέτης του Δεσποτάτου της Ηπείρου ήταν ο Κάρολος Α ΄ Τόκκος, Φράγκος δούκας της Λευκάδος. Υπάρχουν μαρτυρίες  και  λαϊκές παραδόσεις στην Κόνιτσα όπου αναφέρετε η φύλαξη  του κάστρου της Κόνιτσας την περίοδο εκείνη από μισθοφόρους Φράγκους στρατιώτες που όπως γνωρίζουμε χρησιμοποιούσε ο Κάρολος Τόκκος.

Με την κατάληψη και της Κόνιτσας οι Τούρκοι δημιουργούν μία επαρχία αποτελούμενη από την Κόνιτσα το Λεσκοβίκο  και την Δεπαλίτσα Η διοικητική, οικονομική και κοινωνική ανάπτυξη της  Κόνιτσα μετατοπίσθηκε προς τα Δυτικά.

Μέχρι το 1430 η 31 με την κατάληψη των Ιωαννίνων  από τους Τούρκους οι περιοχές ανατολικά του Αώου παρέμειναν στο Δεσποτάτο.

Οι Οθωμανοί αναδιοργανώνουν τις επαρχίες τους διαμορφώνοντας μεγαλύτερες διοικητικές μονάδες (τα σαντζάκια).

Το Σαντζάκι τής Αρβανιτιάς πού είχε πρωτεύουσα το Αργυρόκαστρο και περιελάμβανε όλη τη βόρεια περιοχή.
Το Σαντζάκι των Ιωαννίνων που περιελάμβανε την  Κόνιτσα την Δεπαλίτσα τα Ζαγόρια το Πογώνι το Δέλβινο και τα Γρεβενά.

Εκτιμώντας τη γεωστρατηγική θέση της Κόνιτσας, δημιουργούν τον ομώνυμο Καζά (Βιλαέτι, Επαρχία) υπαγόμενο στο Σαντζάκι (Διοίκηση) των Ιωαννίνων που περιλαμβάνει και το ναχιγιέ τού Λεσκοβικιού (Ναχιγέ του Τζαΐμ} και έχει Κάδη, Μάλιστα ο Καδής τής Κόνιτσας θεωρείται από τους πιο παλιούς Καδήδες τής Ηπείρου. Κρίνοντας κι απ αυτό φτάνουμε στο συμπέρασμα ότι  η Κόνιτσα την εποχή αυτή είναι σημαντικό κέντρο πολιτικό, θρησκευτικό και οικονομικό.

Από το β΄ μισό του 15ου αιώνα παρακμάζουν οι κοντινοί οικισμοί και αναπτύσσεται η Κόνιτσα σε κέντρο της περιοχής, με την άνθηση της γεωργοκτηνοτροφίας και του διαμετακομιστικού εμπορίου.

Ο πληθυσμός της πόλης ήταν συγκεντρωμένος σε δύο συνοικίες την περίοδο τής Τουρκοκρατίας.
Στην Πάνω Κόνιτσα, πού αποκαλούνταν και Βαρόσι. (Οι κάτοικοι της Βαροσλήδες) με πλειοψηφία το Χριστιανικό στοιχείο, και στην Κάτω Κόνιτσα, πού πλειοψηφούσε το Μουσουλμανικό στοιχείο. Το μουσουλμανικό αυτό στοιχείο αποτελείτο από πρόσφυγες Αρβανίτες, κατά κύριο λόγο εργάτες γης (τσιφτσήδες), πού προέρχονταν από την Καραμουρατιά, Λέσκοβίκο, Κολώνια, Φράσερη κλπ»

Στην Πάνω Κόνιτσα, έκτος από το χριστιανικό πληθυσμό κατοικούσαν και μεγάλες και ισχυρές οικογένειες μουσουλμάνων. Οι οικογένειες αυτές προέρχονταν από εξισλαμισθέντες ντόπιους κυρίως φεουδάρχες - τιμαριούχους. Έλληνες πού αναγκάστηκαν να περάσουν στο Μουσουλμανισμό για να σώσουν τις μεγάλες περιουσίες τους (τσιφλίκια τους) «ένσωματωθέντες τελικά εις το ιδιότυπον διοικητικόν, έπιστρατευτικόν και φοροτεχνικόν σύστημα τής Τουρκοκρατίας».

Στο 16ο αιώνα τοποθετείται η ανέγερση των δύο μεγάλων μουσουλμανικών τεμενών της Κόνιτσας. Το πρώτο, που δεν σώζεται σήμερα, είχε την ονομασία τζαμί "Χουσείν Σιάχ". Ιδρύθηκε, σύμφωνα με την παράδοση περί το 1500, από το σουλτάνο Βαγιαζήτ Β΄. Το δεύτερο, με την ονομασία τζαμί "Σουλτάν Σουλεϊμάν", σώζεται ερειπωμένο στην κάτω Κόνιτσα και χρονολογείται στα μέσα του 16ου αιώνα. Ιδρυτής του θεωρείται ο σουλτάνος Σουλεϊμάν ο Μεγαλοπρεπής (1494-1566) και ο συνοικισμός μέχρι σήμερα λέγετε Σουλτάν Μαχαλάς.

Παράλληλα με την Κόνιτσα, συνεχίζει να ακμάζει έως το α΄ μισό του 17ου αιώνα η Διπαλίτσα, όπου το 16ο αιώνα χτίζονται αρκετοί ναοί, όπως οι 'Αγιοι Απόστολοι (1537), o 'Αγιος Σώζων (16ος αιώνας), η Αγία Τριάδα (16ος αιώνας), και αγιογραφούνται το καθολικό της Μονής Μολυβδοσκέπαστης (1522 και 1537) και ο ναός των Αγίων Αποστόλων (1645).

Κατά τον 17 αιώνα η περιοχή της (Αούστας) Κλειδωνιάς εγκαταλείπεται και ιδρύεται η ορεινή Αούστας  Γλιτονιάβιστα ('Ανω Κλειδωνιά.)

Κατά τον Γιάννη Λυμερόπουλο ο οικισμός αποτελεί προέκταση παλιότερης εύπορης λουτρόπολης με την ονομασία Αούστα (βλέπε Υστεροβυζαντινή περίοδος)
Στις αρχές του 17 αιώνα αρβανίτικα φυλά (Καραμουράτες Κολωνιάτες κλπ) εξισλαμίζονται εξοπλίζονται και  μετατρέπονται σε διώκτες και ληστές των γύρω παραγωγικών περιοχών. Εκεί χρονολογείτε και η καταστροφή των περισσότερων χωριών μεταξύ των οποίων Δεπαλίτσα Οστενίτσα Αούστα. Οι κάτοικοι των χωριών αυτών στρέφονται προς την πόλη της Κόνιτσας ή ξενιτεύονται προς την Βαλκανική (κυρίως Ρουμανία)
Οι κάτοικοι των καλυβιών της Αούστας για να γλιτώσουν από τις επιδρομές ανέβηκαν στο βουνό και δημιούργησαν τον οικισμό που ονομάσθηκε Γλιτωνίαουστα που σημαίνει Γλιτώνω τη Αούστα.
Παρόμοια κίνηση παρατηρήθηκε και σε πολλά άλλα χωριά της περιοχής (Γορίτσα, Δολιανά, Σουδενά που ανέβηκαν και δημιούργησαν το σημερινό Πάπιγκο.)

Την εποχή αυτή ανεγείρονται οι δύο ναοί του οικισμού της Κλειδωνιάς, του Αγίου Αθανασίου (1617) και του Αγίου Νικολάου (1620), και ιδρύονται δύο μονές, των Αγίων Αναργύρων (1658) και των Αγίων Αποστόλων (1662). Την ίδια εποχή ιδρύονται επίσης η Μονή του Αγίου Νικολάου στην Καλόβρυση και η Μονή Κοιμήσεως της Θεοτόκου Ζέρμας.

Στη μνημειακή αρχιτεκτονική της πρώιμης περιόδου της τουρκοκρατίας απαντά ποικιλία τύπων (τρίκογχος, σταυρεπίστεγος, εγγεγραμμένος σταυροειδής και μονόχωρος θολωτός ναός). Η πολυμορφία αυτή αποτελεί απόηχο των επιδράσεων από μακρινά ή κοντινά κυρίως κέντρα και πιστοποιεί την αδιάλειπτη ανταλλαγή πολιτισμικών στοιχείων με άλλες περιοχές, μέσω των ονομαστών μαστόρων της περιοχής. Ήδη από τα πρώτα χρόνια της τουρκοκρατίας οι τεχνίτες της περιοχής της Κόνιτσας είχαν αποκτήσει μεγάλη φήμη. Οργανωμένοι σε ομάδες (μπουλούκια) οι κτιστάδες από τα μαστοροχώρια Πυρσόγιαννη, Βούρμπιανη κ.ά., οι ξυλογλύπτες από το Τούρνοβο (Γοργοπόταμος) και αργότερα οι ζωγράφοι από τους Χιονιάδες ταξίδευαν παντού και ασκούσαν την τέχνη τους.

Κύμα ληστρικών επιδρομών και εξισλαμισμού από την Αλβανία κατά το β΄ μισό του 17ου αιώνα αναγκάζει τους κατοίκους της Διπαλίτσας και της Οστανίτσας (Αηδονοχωρίου) να εγκατασταθούν στην ασφαλέστερη Κόνιτσα, η οποία συνεχίζει να ακμάζει και καθιερώνεται σταδιακά ως κέντρο της περιοχής. Τουλάχιστον από το 1679 υπήρξε έδρα υποδιοικητή (μουσελίμη) και ιεροδικαστή (καδή).

Από την πρώτη μέρα της κατάκτησης της περιοχής από τους Τόυρκους αναπτύχθηκε και εξαπλώθηκε η μουσουλμανική αίρεση των Μπεκτασήδων, που πρέσβευε τη συνύπαρξη του μουσουλμανισμού με το χριστιανισμό και τον ιουδαϊσμό.  Ο επικεφαλής στρατάρχης Γαζή Εβρενόζ αλλά και ο Σουλτάνος Μουράτ ήταν Μπεχτασίδες.

Στην Κόνιτσα ιδρύονται τεκέδες (μουσουλμανικά μοναστήρια δερβίσηδων) από τους οποίους σώζονται σήμερα μόνο τρεις τουρμπέδες, δηλαδή μαυσωλεία που χτίζονταν πάνω από τάφους σημαντικών μορφών και επιφανών κληρικών.

Πηγές: